オビ＝ワン: 失礼なことを言うつもりはありません、マスター。真実なんです。
クワイ＝ガン: お前の視点ではな。
オビ＝ワン: あの子は危険です。皆それに気づいています。なぜ分からないのですか？
クワイ＝ガン: あの子の運命は不確かだ。危険ではない。評議会があの子の未来を決める。お前にとってもよい結果になるだろう。さあ、行くぞ。
アナキン: クワイ＝ガンさん、僕は問題児になりたくない。
クワイ＝ガン: ならないよ、アニー。訓練することはできないが、私を観察して、心に留めるんだ。常に忘れてはならん。意思の集中が君の真実を決めるんだ。私の近くにいれば安全だ。
アナキン: マスター、ヨーダがミディ＝クロリアンって言ってるのが聞こえたんだけど。ミディ＝クロリアンって何なの？
クワイ＝ガン: ミディ＝クロリアンはあらゆる生きた細胞の中に存在する微小生命体だ。
アナキン: 僕の中にもいるの？
クワイ＝ガン: もちろん、君の細胞の中にもいる。我々はミディ＝クロリアンと共生関係にあるんだ。
アナキン: 共生？
クワイ＝ガン: 共通の利点のために共存する生命体だ。ミディ＝クロリアンなしでは生命は存在できないし、我々はフォースの知識を手に入れることもできない。彼らは絶えず我々に語りかけ、フォースの意思を伝えてくれるんだ。心を静めることを学べば、君にも彼らの声が聞こえるようになる。
アナキン: 分からないや。
クワイ＝ガン: 時が経ち、訓練を積めば分かるよ、アニー。きっと分かるようになる。
クワイ＝ガン: 陛下、引き続きお仕えし、お守りできるとは光栄です。
アミダラ:
助力を感謝します。パルパティーン議員は連合が私を抹殺することを恐れているのです。
クワイ＝ガン: そんなことはさせません。お約束します。
ジャージャー:
おいら、おうちに帰れるー！
アナキン: 行こう、R2。
だが、評議会はアナキンの処遇については引き続き協議するとし、それよりもナブー事件の真相解明が急務であると告げた。クワイ＝ガンとオビ＝ワンは再びアミダラの護衛となり、アナキンとジャー・ジャーを連れてナブーへと戻るのだった。
ジェダイと女王がナブーを目指していることを知ったシディアスは、再びモールを派遣し、ジェダイとの戦いを命じる。一方、無謀な行動かと思われたアミダラには秘策があった。彼女はジャー・ジャーの案内でグンガンの避難所へと向かい、ボス・ナスと対面する。そこでパドメが彼らに片膝を付き、ナブー解放への助力を願い出たのである。パドメこそがアミダラ女王本人だったのだ。
このときナブーとグンガンとの長年の確執が解消され、両種族は力を合わせて侵略者を撃退することになったのだ。
グンガンの偉大なる部隊が草原でドロイド軍と乱戦を繰り広げる。和解の立役者となったジャー・ジャーは将軍に任命され、時間稼ぎのための陽動作戦を指揮することになった。その間、ナブーの警備隊はジェダイの力を借りてドックを確保し、戦闘機で上空のドロイド司令船を目指していた。司令船を破壊すれば、すべてのドロイドを不能にすることができるのだ。そして、アミダラ率いる少数チームが王宮に侵入し、ガンレイ総督を拘束するのである。だが、その前にダース・モールが立ちはだかった。クワイ＝ガンとオビ＝ワンはシスと対峙し、その間にアミダラたちが玉座の間へと急ぐ。そのとき、アナキンとR2は隠れて乗っていた戦闘機を起動させてしまい、宇宙での戦いに参加することになってしまう。
アミダラは侍女のサーベを囮に使い、あっさりとガンレイ総督の身柄を拘束する。だが、グンガン軍、戦闘機部隊、そしてジェダイの戦いはいずれも劣勢だった。この状況を一気に打破したのはアナキンの活躍である。フォースを味方につけた彼はドロイド司令船のシールドをかいくぐって内部へと侵入し、主反応炉を破壊、船を大破させたのだった。その瞬間にドロイド軍は動作を停止させ、グンガン軍に勝利をもたらした。しかし、シード王宮の奥深くで戦っていた2人のジェダイは苦境に立たされていた。