一方、タトゥイーンに留まるよう厳命されたアナキンも、パドメとR2、3POを連れ、オビ＝ワンを助けるためジオノーシスへと発ってしまう。
アナキン: 分かりました、マスター。
パドメ: 彼を救うには間に合わないわ。銀河の半分を横切らないといけないもの。見て。ジオノーシスはここから1パーセクもないわよ。
アナキン: まだ生きていればね。
パドメ: アニー、ここに座ったまま彼を見殺しにしていいの？友人であり、師匠でもある人でしょう？
アナキン: 父親同然だよ！でもマスター・ウィンドゥが言っただろ。ここにいろと厳命されたんだ。
パドメ: 彼の厳命は私を守ることよ。私はオビ＝ワンを助けに行きます。私を守るなら、あなたもついて来なければならないわよ。
捕らわれの身となったオビ＝ワンの前にドゥークーが現れた。彼は腐敗した共和国が既にシス卿ダース・シディアスによって牛耳られていること、10年前のナブー事件もシスの後ろ盾があったこと、そして自分が共和国を裏切ったのもシスを倒すためであることを告げる。
オビ＝ワン: 裏切り者め。
Dooku:
まさか、友よ。これは間違いだ、とんでもない間違いだよ。やりすぎだな。困ったものだ。
オビ＝ワン: ここではおまえがリーダーだろう、ドゥークー。
Dooku:
私は何も知らなかったのだよ、本当だ。すぐに解放するよう申し立てるとしよう。
オビ＝ワン: ああ、はやくお願いしたいね。やることが残ってるんだ。
Dooku:
聞かせてもらいたいのだが、ジェダイ・ナイトが一体なぜこのジオノーシスにいるのだね？
オビ＝ワン: ジェンゴ・フェットという賞金稼ぎを追っていたんだ。知っているか？
Dooku:
私の知る限り、ここには賞金稼ぎなどおらんよ。ジオノーシアンは連中を信用しないんだ。
オビ＝ワン: 誰だって同じさ。でもやつは確かにここにいるんだ。
Dooku:
これまで顔を合わせる機会がなかったことが残念でならないよ、オビ＝ワン。クワイ＝ガンもいつも君のことを高く評価していたからね。彼には生きていてほしかった。今まさに助けになってくれただろうに。
オビ＝ワン: クワイ＝ガンが貴様なんぞと手を組むはずがない。
Dooku:
決め付けはよくないぞ、若きジェダイよ。忘れたか、かつて君が彼の弟子だったように、かつて彼は私の弟子だったのだ。彼は元老院の腐敗についてすべてを知っていたよ。私のもつ真実を知れば、それに歯止めをかけてくれただろう。
オビ＝ワン: 真実だと？
Dooku:
真実だ。共和国がすでにシスの暗黒卿の支配下にあると言ったらどうするかね？
オビ＝ワン: そんなことはありえない。ジェダイが気づくはずだ。
Dooku:
フォースのダークサイドが彼らの見識を曇らせているのだよ。何百もの議員がすでにシス卿の影響下におかれているのだ。ダース・シディアスのな。
オビ＝ワン: 信じられんな。
Dooku:
通商連合の総督もかつてそのダース・シディアスと手を組んでいた。だが10年前、彼は暗黒卿に裏切られたのだよ。彼は私に助けを求め、すべてを打ち明けてくれた。君も仲間に加わってくれ、オビ＝ワン。そして力を合わせ、シスを滅ぼすのだ！
オビ＝ワン: おまえとは組めないよ、ドゥークー。
Dooku:
解放してやることは難しくなったかもしれんな。
ドゥークーはオビ＝ワンを仲間にと誘うが、彼はそれを敢然と拒否するのだった。やがて、彼を救出するために到着したのはアナキンたちだった。彼らはドロイド製造工場へと侵入するが、大乱闘の末、捕らえられてしまう。アナキンとパドメはオビ＝ワンと共に共和国からのスパイ容疑によって処刑されることになるのだった。このときパドメはアナキンへの愛を告白する。
アナキン: 怖がらないで。
パドメ: 死ぬのは怖くないわ。あなたが私の人生に戻ってきてから、毎日少しずつ命を削っていたのよ。
アナキン: 何のことだい？
パドメ: 愛してるわ。
アナキン: 愛してる？恋するのはやめようと決めたじゃないか。嘘をつきながら生きていくことを強いられるし、身を滅ぼすことになるからって。
パドメ: 私たちにはどのみち破滅が待っているのよ。本当に・・・深く愛してるわ・・・死ぬまでに知っておいてほしかったの。
3人は大勢のジオノーシアンが観戦する処刑闘技場へと運ばれ、3体の猛獣たちに身を委ねられた。VIPボックスではドゥークー、ジオノーシスのポグル大公、ガンレイ総督とその副官、フェット親子がその光景を楽しんでいる。だが、そこに突如としてマスター・ウィンドゥが割り込んできたのだった。
メイスの登場と同時に200人のジェダイが闘技場になだれ込む。アナキンたちも解放され、ジオノーシアンたちが逃げ惑うなか、代わりに何千体ものバトル・ドロイドが押し寄せてきた。メイスも観戦ボックスを追われ、闘技場での戦いに参戦する。
この戦いは熾烈を極め、メイスは強敵のジャンゴを倒すが、これまでの歴史上類を見ないほどの数のジェダイが殺害されてしまう。そしてついに残りのジェダイたちも追い詰められ、ドゥークーに降伏を迫られるのだった。だが、メイスがそれを拒否したとき、上空からクローン軍を引き連れたヨーダが降りてくる。圧倒的なクローン軍の戦力によって形成は一気に逆転し、闘技場は破壊されたドロイドの残骸に埋め尽くされた。やがて戦場は砂漠の荒野へと移動し、ジェダイ率いるクローン軍とドロイド軍との全面戦争へ突入する。ドゥークーたちも司令室へと引き上げるが、残されたボバはひっそりと父の亡骸にすがるのだった。
分離派の指導者たちは正体不明のクローン軍の出現に予期せぬ戸惑いを見せていた。ドロイドの全軍を投入しても、とても数が足りないのだ。形成は著しく不利に傾き、ガンレイは早々とジオノーシスから撤退してしまう。そしてさらに戦いが続き、ドロイド軍の敗北が決定的になると、ポグル大公も軍を撤収させるのだった。彼はこのとき、密かに開発を進めていた最終兵器の設計図を、共和国の手に落ちる前にドゥークーに託す。それは想像を絶する大きさと破壊力を誇る宇宙要塞兵器だった。伯爵はこの設計図をコルサントにいる謎のマスターへ届けるべく、自船の待機するドックへと急ぐのだった。
アナキンとオビ＝ワン、パドメを乗せたガンシップがドゥークーのバイクを視界に捉えた。彼らは伯爵の後を追うが、ジオノーシアンの戦闘機による砲撃を受け、パドメが砂漠に転落してしまう。
アナキン: パドメ！
アナキン: 船を下ろせ！
オビ＝ワン: 個人的感情を足かせにしてはならん！あのスピーダーを追え！
アナキン: 船を下ろすんだ！
オビ＝ワン: 私一人でドゥークーとは戦えん！おまえが必要だ！あいつを捕まえればこの戦争もここで終わるんだ！それが我々の使命だ！
アナキン: 知るもんか！船を下ろすんだ！
オビ＝ワン: ジェダイ・オーダーから追放されるぞ！
アナキン: 彼女をおいてはいけない！
オビ＝ワン: よく考えろ！パドメがおまえの立場だったら、彼女はどうする？
アナキン: 彼女は任務を優先する。