そこへ姿を現したのはマスター・ヨーダだった。ライトサイドとダークサイド、両者の達人が持てる力を尽くして激しくぶつかり合う。
決闘はフォースの戦いからライトセイバー戦へと移り、敵わぬと悟ったドゥークーはフォースで巨大な支柱を倒すと、動けなくなった師弟を襲うのだった。
そしてヨーダが2人を助けようと気を逸らした隙に、宇宙船で逃走してしまう。パドメが駆けつけたときにはすでに戦いは終った後だった。
数日後、コルサントの見捨てられた工業地帯にドゥークーの船が到着した。彼を待ち構えていたのはダース・シディアスである。ドゥークー伯爵、いやシス卿ダース・ティラナスは、彼の新しいマスターに戦争が始まったことを告げるのだった。一方、ジェダイはジオノーシスの戦いで多くの仲間たちを失っていた。ヨーダはドゥークーがダークサイドに落ちたことに強い懸念を抱く。
そのころ、議員たちが見守る前で、無数のクローン兵が分離派の惑星へ向けて出撃を開始していた。悲痛な面持ちのベイル・オーガナとは対照的に、パルパティーンは決意に満ちた表情でその光景を眺めている。銀河系と共和国に破壊と殺戮をもたらす凄惨な戦い、クローン大戦がついに幕を開けたのだった。